En unas instalaciones de la cooperativa, las limpiadoras, se vacía la carga del remolque. Allí, se bascula en una torba y con un sistema de ventiladores y verjas se separa por un lado el material orgánico formado por hojarasca y tierra y ramas. Todo este material y el generado en la extracción del aceite (alpeorujo) se transforman para distintos usos: como abono, como biomasa para generar energía electrica o en la fabricación de piensos. Por otro lado, las aguas residuales, generadas en la limpieza de la aceituna tienen un alto poder contaminante, no pueden reutilizarse en cultivos ni verter a los ríos , por los efectos fitotóxicos; últimamente se ha ido almacenando en balsas de evaporación, pese a los malos olores que desprende y a las filtraciones en el suelo.
El verdadero reto de este cultivo es investigar métodos para depurar estas aguas residuales para llegar a ser una producción con poca contaminación medioambiental.